La Conferenza episcopale portoghese è una delle più antiche, poiché è in funzione dagli anni '30. Tuttavia, solo nel 1967 ricevette i suoi primi statuti, approvati dall'Assemblea plenaria dei vescovi.

I membri della Conferenza sono: i 21 vescovi diocesani, tra cui il vescovo delle forze armate e di sicurezza; i vescovi e gli ausiliari coadiutore; vescovi titolari in Portogallo che esercitano una funzione speciale alla nomina della Santa Sede. Anche i vescovi emeriti sono membri della Conferenza, ma senza l'obbligo di prendere parte ai lavori dell'Assemblea.

L'organo supremo della Conferenza è l'Assemblea Plenaria, che di solito si riunisce due volte l'anno, in aprile e novembre.

Il presidente, il vicepresidente e il segretario, nonché quattro o cinque vescovi eletti dall'Assemblea plenaria, costituiscono il Consiglio permanente, l'organo delegato dall'Assemblea con il compito di preparare i suoi lavori e di dare seguito alle sue risoluzioni.

Gli altri organi della Conferenza episcopale portoghese sono le Commissioni episcopali, per settori specifici di attività pastorale, il Segretariato generale, con funzioni riguardanti le questioni burocratiche, l'amministrazione e il coordinamento pastorale e, infine, i Segretariati nazionali, di natura tecnica ed esecutiva per settori specifici, dipendenti da una Commissione episcopale.

Una delle funzioni più importanti della Conferenza episcopale portoghese consiste nell'esercizio del magistero collegiale sotto forma di lettere e note pastorali di chiarificazione dottrinale o esortazione pastorale, quasi sempre riguardanti eventi che richiedono una dichiarazione dell'episcopato.