A causa del territorio del paese, la Conferenza episcopale maltese è attualmente composta da sole due diocesi. L'isola di Malta (400.000 abitanti) conta 70 parrocchie, mentre l'isola di Gozo (25.000 abitanti) conta 15 parrocchie.

Ove possibile, le due diocesi uniscono le loro forze attraverso Commissioni interdiocesane che si occupano dell'intero territorio. Questi includono:

• la Commissione per l'ambiente
• la Commissione Liturgicale
• la Commissione "Malta in Europa"
• la Commissione per l'educazione
• la Commissione catechistica
• la Commissione cattolica per i beni culturali
• il Consiglio per le vocazioni
• il team di risposta per le indagini sugli abusi sessuali
• il tribunale regionale (seconda istanza)
• the Cana Movement (Family Life)